Pavarų dėžėje yra alyvų, kurias reikia kas tam tikrą laiką keisti. Nesilaikant šios taisyklės, sparčiau dyla judamosios transmisijos dalys, pavarų perjungimas darosi nesklandus. Į pavarų dėžę dažnai pilamos kitokios koncentracijos ir klampumo alyvos, nei reikalingos varikliui, bet tai toli gražu nėra universali taisyklė, galiojanti visiems automobiliams.
Mechaninių pavarų dėžių alyva keičiama retai. Paprastai šis procesas atliekamas pasunkėjus perjungti pavarą, remontuojant transmisiją arba esant nepakankamam alyvos lygiui. Pastaruoju atveju rekomenduojama alyvą pakeisti visiškai.
Mechaninės pavarų dėžės neturi alyvos filtrų, jos nėra ir tokios lepios alyvai kaip automatinės. Vis dėlto keičiant alyvą mechaninėje transmisijoje reikia atsižvelgti į gamintojo rekomendacijas.